野心家白賴仁（李子雄 飾）為了實現控制人類的夢想，派出手下甲賀忍者領袖虎大介追殺菊池博士，成功搶走了他身上的赤盒——一個收藏著菊池發明，可以抵抗任何病毒的藥苗人類之小盒子！ 菊池死后，白賴仁才發現世上只有一個叫高比（黃子華 飾）的潦倒音樂家才擁有打開赤盒之能力，遂派虎大介生擒高比，另一方面，菊池徒弟伊賀女忍者香也發誓要完成師傅遺愿---殺高比，而另一邊，伊賀派芭蕉先生卻派愛徒小靈（黃圣依 飾）保護高比，免落入壞人手上。 三路人馬碰頭，展開龍爭虎斗，高比夾在當中，叫苦不已。最后小靈趁著虎大介對香手下留情的剎那機會，帶著二人殺出重圍，逃回霧隱村。原來香和虎大介是青梅竹馬戀人，礙于門派斗爭，有情人難成眷屬。香唯有暫在芭蕉家養傷。 芭蕉決定冒險潛入白賴仁總部盜取赤盒，誰料中了反間之計，連累村民慘遭大屠殺，最后死在虎大介手上。結果高比挺身而出，大呼若不停止殺人，便自刎當場。高比被押回白賴仁總部，竟無意中以一曲將赤盒成功打開，原來當日菊池被此曲吸引，遂以此作為鑰匙。 小靈、香殺進白賴仁總部，一場激戰之后，盡殺白賴仁及其黨羽，救出高比及奪回赤盒，而二女也運用易容術互調身份之苦肉計，令虎大介上當---當他驚覺傷在自己手上的竟是香時，即被香以剩余之最后一口氣用刀刺入自己身體……但香眼中亦同時流下兩行情淚……